15-letni Ben Tennyson prowadzi spokojne życie, po tym jak pięć lat wcześniej ściągnął Omnitrix. Niestety pewnego dnia chłopak odkrywa, że jego dziadek zaginął w tajemniczych okolicznościach. Postanawia ponownie założyć swój niezwykły zegarek, by go odnaleźć. Do Bena i jego kuzynki Gwen dołącza ich dawny wróg - Kevin. Po drodze odkrywają, że podczas nieobecności Bena, kosmici nie próżnowali i szykowali inwazję. Młody Tennyson będzie musiał się z nimi zmierzyć w trakcie poszukiwania dziadka, wykorzystując zmieniony Omnitrix.