Niemcy, rok 1945. Doktor Liesendorf pracuje w swym laboratorium nad tajnym eksperymentem, jednak przybywają żołnierze Wehrmachtu, którzy wbrew jego woli konfiskują obiekt jego badań. Niemcy przekazują obiekt kapitanowi Kawai z Cesarskiej Armii Japońskiej. Okazuje się to wciąż bijące serce potwora Frankensteina. Gdy serce dociera do Hiroszimy celem badań, na miasto zostaje zrzucona bomba atomowa.

Hiroszima, rok 1960. Amerykański doktor James Bowen wraz z japońskimi asystentami, doktorami Sueko Togami i Kenichiro Kawaji prowadzi badania nad skutkami bomby atomowej. W międzyczasie dochodzą doniesienia o grasującym zdziczałym chłopaku żywiącym się małymi zwierzętami. Po jakimś czasie doktor Bowen proponuje doktor Togemi wyjazd do Hatsukaichi, by odwiedzić grób zmarłej hibakusha, małoletniej Tazuko. Tam są świadkiem jak ten sam zdziczały chłopak ukrywa się w jaskini przed ludźmi. Togemi i Bowen zabierają go ze sobą do Hiroszimy. Chłopak przykuwa uwagę japońskich mediów, ponieważ jest rasy białej, a jego ciało jest odporne na promieniowanie. Doniesienia o chłopaku dochodzą do kapitana Kawai, obecnie pracującego na polu naftowym w prefekturze Akita. Tam następuje trzęsienie ziemi, w wyniku czego wyłania się tajemniczy potwór ze świecącym rogiem na czole.

Zespół naukowy doktora Bowena podczas badań spostrzega, że chłopak gwałtownie rośnie z powodu spożywania białka. W obawie przed jego siłą zostaje zamknięty w celi przykuty łańcuchami. Doktor Togami troszczy się o niego i dokarmia, by podnieść go na duchu. Doktor Kawaji kłóci z dyrektorem szpitala o możliwość przetrzymywania chłopaka i sprzeciwia się wysłania go do zoo. Kawai przybywszy do doktora Bowena mówi mu o sercu potwora Frankensteina, które zaginęło podczas ataku na Hiroszimę i stwierdza, że to z niego mógł wyrosnąć jego obiekt badań.

Za radą doktora Bowena doktor Kawaji jedzie do Frankfurtu, by przeprowadzić rozmowę z doktorem Liesendorfem, obecnie będącego na emeryturze. Tam Liesendorf potwierdza, że serce było nieśmiertelne, a z odciętej tkanki potwora tworzy się nowy osobnik i proponuje odciąć Frankensteinowi kawałek kończyny. Po powrocie do Japonii Kawaji rozmawia o tym z kolegami po fachu. Togemi jest przeciwna temu w obawie, że teoria Liesendorfa nie sprawdzi się. Także doktor Bowen uważa, że trzeba czasu, by to przemyśleć. Kawaji jest zdeterminowany, by wypróbować teorię w praktyce. Gdy zamierza przeprowadzić zabieg, nagle przybywa ekipa telewizyjna mająca pozwolenie od dyrekcji szpitala. Rozdrażniony błyskami z fleszu coraz to większy Frankenstein niszczy swoją celę. Doktor Bowen zostaje poinformowany o ucieczce Frankensteina. Doktor Togemi nalega, by poszła z nim razem czując, że Frankenstein ją posłucha, jednak doktor każe jej zostać w domu. Na miejscu policja chce zabić Frankensteina, ale ten ucieka z terenu szpitala. W trakcie ucieczki przez Hiroszimę patrzy smutnie na doktor Togami przebywającą w swym mieszkaniu, nim ruszy przed siebie.

Podczas konferencji prasowej dwóch dziennikarzy badając celę Frankensteina znajduje ruszającą odrąbaną dłoń. Naukowcy wnioskuje, że dłoń żyje dzięki białku. Tymczasem pojawiają się doniesienia o Frankensteinu włóczącym się przez prefektury Okayama, Hyōgo, Kioto i Osaka, gdzie pożera większe zwierzęta. W Osace doktor Bowen i jego asystenci informują policję prefekturalną, że jako mają już żyjącą rękę Frankensteina, nie będą oponować za jego zabiciem.

Po powrocie do Hiroszimy naukowcy dowiadują się, że ręka Frankensteina jest martwa i rozrosła się poprzez spożywanie białka. Wnioskują, że Frankenstein im jest większy, tym więcej potrzebuje białka. W okolicach góry Ibuki Frankenstein próbuje zastawiać pułapki na zwierzęta przyciągając uwagę wojska. Tymczasem, podziemny potwór, którego widział Kawai toczy swój niszczycielski pochód po wsiach, zjadając ludzi i żywy inwentarz. Wszyscy myślą, że to wszystko sprawka Frankensteina, z czym nie zgadzają się doktor Bowen i jego asystenci, twierdząc że Frankenstein nigdy nie krzywdził celowo ludzi. Wkrótce Frankenstein zostaje znaleziony w magazynie na proch przez nastolatków z jednej zniszczonych wsi. Po ostrzelanie przez wojsko Frankenstein ucieka w głąb lasu.

Kiedy doktor Bowen i jego asystenci niechętnie mają przyznać rację władzom, odwiedza ich Kawai, aby powiedzieć im, że Frankenstein jest niewinny. Jest zdania, że to potwór, którego widział w Akicie, a nie został dostrzeżony dzięki mgle i poruszaniu podziemnymi tunelami. Po konsultacji z muzeum paleontologicznym podziemny potwór prawdopodobnie jest mezozoicznym gadem ssakokształtnym, którzy przetrwał do czasów obecnych żyjąc pod ziemią. Kawai próbuje przekonać media o niewinności Frankensteina, ale bezskutecznie. W tej sytuacji naukowcy postanawiają znaleźć Frankensteina na własną rękę.

Wkrótce Frankenstein zostaje zlokalizowany w lesie, którym obecnie się ukrywał. Lecz ku przerażeniu innych doktor Kawaji chce zabić Frankensteina nim zrobią to władze, ponieważ według niego może zdziczeć i nawet doktor Togami nie będzie mogła go ponownie oswoić. Chce ubiec wojsko, by ocalić serce do ponownej regeneracji. Gdy testuje granaty chemiczne wyłania się podziemny potwór. Granaty nie robią na bestii wrażenia i gdy zagraża doktor Togami, pojawia się nieoczekiwanie Frankenstein. W trakcie walki pomiędzy nimi doktor Kawaji spada ze skarpy. Pokonany potwór ucieka wykonanym przez siebie podziemnym tunelem.

Nocą Frankenstein zanosi rannego doktora Kawaji do doktora Bowena i doktor Togami i idzie przed siebie. Ponownie napotyka się na podziemnego potwora, nazwanego Baragonem przez doktora Bowena, w lesie otaczającym ewakuowaną wieś. Frankenstein wobec zionącego ogniem Baragona decyduje się na ataki z dystansu i pochodniami, co powoduje pożar w lesie. Po zaciekłej bitwie Baragon w wyniku utraty przewagi zamierza uciec podziemnym tunelem, ale Frankenstein odciąga go od niego i zabija go poprzez uduszenie. Jednak wykopywany przez Baragona tunel powoduje zapadnięcie ziemi, w wyniku czego ginie Frankenstein. Doktor Kawaji jest zdania, że Frankenstein nigdy nie umrze i być może pewnie dnia będzie widziany ponownie, jednak doktor Bowen uważa, że dla Frankensteina jako niezrozumianego potwora śmierć jest błogosławieństwem.