Deunan jest nastoletnią działaczką ruchu oporu w wyniszczonym III wojną światową mieście. Kiedy podczas akcji giną wszyscy jej towarzysze, z opresji ratuje ją tajemnicza jednostka ESWAT i zabiera do utopijnego miasta Olympus. Rządzi nim superkomputer Gaja wraz z Radą Starszych. W tym idealnym społeczeństwie koegzystują ze sobą ocalali po wojnie ludzie i generacja bioroidów, genetycznie ograniczonych, ale "doskonalszych" ludzi pozbawionych uczuć. Okazuje się jednak, że utopijność jest tylko pozorna. Ludzie obawiają się nowej rasy i chcą ją wyeliminować w obawie przed utratą swojej pozycji. Kiedy Rada Starszych postanawia przenieść bioroidy na wyższy poziom ewolucji za pomocą projektu "Appleseed", zaczynają się prawdziwe kłopoty...