Film przedstawia historię dwunastoletniego Zaina, który żyje w skrajnej biedzie w slumsach współczesnego Bejrutu. W akcie desperacji chłopiec wytacza proces swoim rodzicom za to, że go spłodzili i tym samym skazali na życie w nieludzkich warunkach. Inspiracją dla Kafarnaum były losy dzieci żyjących w skrajnym ubóstwie, które Labaki widywała w Libanie[2].