Właściwie dość defensywna elitarna jednostka G.I. Joe, z Roadblock (Dwayne Johnson) w roli nowego przywódcy i kapitanem Dukeem Hauserem (Channing Tatum) w roli elitarnego specjalisty, zostaje zaatakowany przez wyższą władzę i ma zostać całkowicie unicestwiony. Wielu członków zaprawionej w boju elitarnej siły ginie w perfidnie zaplanowanej operacji likwidacyjnej. Rząd uzasadnia narodowi tym, że byli obrońcy narodu wyrzekli się lojalności wobec kraju. To nie jest wiarygodne i wkrótce staje się jasne, że za atakiem na Joes stoi podejrzana organizacja Cobra. Spośród nich przetrwała tylko niewielka grupa, w tym wysoka Roadblock i uwodzicielska Lady Jaye (Adrianne Palicki). Ci, którzy przeżyli, postanawiają dotrzeć do sedna spisku przeciwko narodowi i jego obrońcom. Otrzymują wsparcie od nieco starzejącego się, ale wciąż bardzo bystrego generała Joe Coltona (Bruce Willis), byłego założyciela i imiennika elitarnej jednostki GI. Joe.