Minęło dwadzieścia lat od wydarzeń ukazanych w XCOM 1. Mimo desperackich prób nie udało nam się odeprzeć inwazji kosmitów. Ponieśliśmy w tej walce klęskę i najeźdźcy z kosmosu ostatecznie zniewolili ludzkość pod przykrywką międzyrasowej współpracy. Nadzieja na wolność jednak całkiem nie zginęła. Niedobitki projektu XCOM dalej prowadzą działania partyzanckie. Nie akceptują świata, w którym ludzkość znajduje się pod kontrolą obcej cywilizacji. Nagle natrafiają na trop więźnia, którego uwolnienie może ponownie przywrócić nadzieję na zwycięstwo.