Główną bohaterką Kokkoku jest Juri Yukawa, młoda kobieta żyjąca z bratem i ojcem (obaj są NEET'ami), emerytowanym dziadkiem, siostrą (samotną matką) oraz siostrzeńcem. Pewnego dnia jej siostrzeniec i brat zostają porwani dla okupu przez tajemniczą grupę religijną zwaną Towarzystwem Prawdziwej Miłości. Mając tylko 30 minut na spełnienie żądań porywaczy, Juri zostaje postawiona pod ścianą. Na szczęście jej dziadek jest w posiadaniu niezwykłego kamienia, który pozwala ludziom wejść do świata zatrzymanego czasu, świata zwanego Stasis. Kiedy Juri, wraz z dziadkiem i ojcem, dostaje się do bazy porywaczy, przekonują się na własnej skórze, że istnieją inni mogący poruszać się w tym świecie.