Hori-san to Miyamura-kun jest czteropanelową, szkolną komedią podążającą za słodko-gorzkim dorastaniem Kyoko Hori i Izumiego Miyamury. Kyoko (Hori-san) jest najpopularniejszą dziewczyną w szkole, podczas gdy Izumi (Miyamura-kun) - introwetrycznym (zamkniętym w sobie) okularnikiem, którego dziewczyna podejrzewa o bycie molem książkowym i być może otaku. Kyoko, ze względu na ciągłą nieobecność swoich rodziców, nie ma czasu na pozaszkolne życie - prowadzi dom dla siebie i swojego młodszego brata. Natomiast Izumi okazuje się być po szkole przyjacielskim chłopakiem, sekretnie kolczykującym i tatuującym się...