ID:Invaded: Historia skupia się na genialnym detektywie Sakaido, który przez swoje czyny z przeszłości musi współpracować z policją, by pomóc im znaleźć zimnokrwistych morderców. Jednakże do rozwiązywania spraw detektyw będzie korzystał z systemu ID wirtualnego świata, w którym wszelkie znane nam prawa fizyki nie istnieją. System nie jest idealny, gdyż za każdym razem, kiedy Sakaido połączy się z wirtualnym światem, traci prawie wszystkie wspomnienia. Jedynie pamięta imię pewnej dziewczyny, Kaeru, którą zawsze widzi martwą w tym zwariowanym świecie