Akcję Fate/Stay Night stanowi dwutygodniowy okres z życia Shirō Emiyi mechanika-amatora, uczęszczającego do Akademii Homurabara (jap. Homurabara Gakuen) w mieście Fuyuki City. Dziesięć lat wcześniej, Shirō stał się jedną z ofiar olbrzymiego pożaru, który pozbawił życia jego ojca, matkę i pochłonął większą część miasta. Chłopiec zapewne podzieliłby los rodziców, gdyby nie pomoc nieznanego człowieka, który odnalazł go na pogorzelisku. Człowiek ów, Kiritsugu Emiya, ratuje mu życie i decyduje się go zaadoptować. Pewnego wieczoru, podczas rozmowy pod domem, Shirō dowiaduje się, że jego ojczym jest magiem. Kiritsugu przekazuje mu podstawy sztuki magicznej, jednak jego powolne postępy zostają całkowicie zatrzymane przez śmierć ojczyma. Przez lata Shirō rozwija swoje niewielkie umiejętności, mieszkając niemal zupełnie sam w wielkim domu, który odziedziczył.