Główna bohaterka Lain Iwakura ma wyjątkowy dar- dostrzega rzeczy i przemiany, których nie zauważają inni. Niestety ten dar skazuje ją na samotność i życie we własnym świecie bez przyjaciół... Nawet rodzina zdaje się nie zauważać tego, co dzieje się z Lain... Wszystko zmienia się z dniem otrzymania, pewnego tajemniczego e-maila, którego nadawcą jest Chisa Yomoda. Co w tym dziwnego? Otóż Chisa nie żyje... Popełniła samobójstwo skacząc z dachu. W treści e-maila informuje Lain, że nadal istnieje i tylko porzuciła swoje ciało. Głupi żart, czy szczera prawda? Lain Iwakura postanawia to sprawdzić. Prosi ojca, o nowego Navi i dzięki temu zyskuje swobodny dostęp do Wired - wielkiej sieci informacyjnej. Wraz ze zgłębianiem zasobów Wired poprawiają się jej stosunki z koleżankami - zaczyna wychodzić z nimi do klubu Cyberia i na zakupy. Niestety granica pomiędzy rzeczywistością, a wirtualną przestrzenią Wired niebezpiecznie zaciera się... Nic nie jest tym, czym było wcześniej... Kim jest Lain? Kim była w przeszłości i jak wpłynie to na jej przyszłość? Kim są Knights? I najważniejsze... Czy Wired to świat nadrzędny, czy podlegający rzeczywistości? Chcąc odnaleźć odpowiedzi musicie wkroczyć w świat bohaterki anime.