Kotarou Tennouji mieszka w Kazamatsuri, niezwykłym mieście, gdzie miejska nowoczesność spotyka się z leśną, dziewiczą zielenią, wywołującą nostalgię i nastrój tajemniczości. Licealista okazuje się nie mniej niezwykły dysponuje mocą (tytułowym rewrite) pozwalającą mu rekonstruować własne ciało, uzyskując przy tym nadnaturalne zdolności. Jednak na co dzień uczęszcza do szkoły jak zwykły uczeń i angażuje się w działalność Klubu Okultystycznego, złożonego głównie z dziewcząt. Czy przyjaciółki Koutarou mogą skrywać jakieś sekrety? Na czym tak naprawdę opiera się świat? I jaka jest w tym wszystkim rola tajemniczej Kagari?