Głównymi bohaterami są wędrowiec Mugen, rōnin Jin i młoda dziewczyna imieniem Fū, która doprowadziła do powstania trio w zamian za uratowanie życia Mugenowi i Jinowi z rąk mściwego daimyō, prosi ich, aby pomogli odnaleźć jej samuraja, który pachnie jak słonecznik. Poszukiwania owego samuraja są głównym wątkiem serialu, jednak niemalże każdy odcinek przedstawia osobną historię, niekoniecznie zbliżającą bohaterów do odnalezienia słonecznikowego samuraja.

W czasie swojej wędrówki Mugen, Fū i Jin spotykają wielu ludzi: członków yakuzy, handlarzy narkotykami, stręczycieli, człowieka, którego wszyscy uważają za potwora czy młodego chłopaka, zmuszonego do kradzieży, aby zdobyć pieniądze na lekarstwo dla schorowanej matki. Większości z tych osób udaje im się pomóc, rozwiązując nie zawsze świadomie ich problemy. Mugen i Jin stoczą także wiele pojedynków na miecze, starając się udowodnić, że są najlepszymi wojownikami.