Naukowcy postanawiają sklonować zmarłą 200 lat wcześniej Ellen Ripley. Wydobywają z jej ciała zarodek Królowej obcych i izolują go. Chcą hodować obcy gatunek i uczynić z niego doskonałą broń. Ripley w efekcie ubocznym klonowania otrzymuje pewne cechy Obcego (nadludzka siła, odporność, żrąca krew).

Do statku USM Auriga, na którym przeprowadzane są te eksperymenty, cumuje jednostka z załogą złożoną z przemytników. Handlarze sprzedają wojskowym ludzi, którzy stają się potem inkubatorami dla obcych (mają zostać wykorzystani do rozmnażania obcych). Udaje się wyhodować dorosłe osobniki. Obcym udaje się uwolnić z klatek, zabijając część załogi, zdecydowana większość ewakuuje się, a sam statek przyjmuje awaryjny kurs na Ziemię.