Historia przedstawiona w anime rozpoczyna się przyjazdem Yukimury Chizuru do Kioto. Dziewczyna w męskim przebraniu szuka zaginionego ojca, który jest lekarzem. Podczas pobytu w Kioto, bohaterka przypadkiem wplątuje się w walkę pomiędzy demonicznie wyglądającymi Oni i strzegącymi spokoju w mieście Shinsengumi. Jako niechciany świadek zostaje schwytana, jednak członkowie Shinsengumi postanawiają oszczędzić jej życie, kiedy okazuje się, że jest córką człowieka, którego także szukają.