Film Assassins Creed nie jest bezpośrednią adaptacją gry komputerowej. Akcja filmu podobnie jak w grach z serii rozgrywa się zarówno w XXI wieku, jak i w przeszłości. Głównym bohaterem filmu jest Callum Lynch, który zostaje porwany przez templariuszy. Lynch zostaje umieszczony w animusie w siedzibie korporacji Abstergo w Madrycie. Przy pomocy animusa templariusze próbują poznać wspomnienia przodka głównego bohatera Aguilara, który był asasynem żyjącym w XV-wiecznej Hiszpanii w czasach Inkwizycji. Porywacze podejrzewają, że przodek Lyncha posiadał wiedzę na temat potężnego artefaktu, który umożliwia kontrolę ludzkości i eliminuje wolną wolę wśród ludzi.