Kevin Brown (Tommy Lee Jones), który działał niegdyś jako agent Kay, zrezygnował z pracy w supertajnej organizacji kontrolującej przybyszów z obcych planet. Wymazano mu więc pamięć. Mężczyzna od czterech lat wiedzie spokojne życie przeciętnego obywatela. Jego miejsce w firmie zajął agent Jay (Will Smith), który doskonale sobie radzi z kolejnymi zadaniami, jakie zleca mu agencja. Podczas rutynowego dochodzenia w sprawie przestępstwa popełnionego przez obcych wpada na trop intrygi przygotowanej przez podstępną kosmitkę z odległej galaktyki, Serleenę. Ukrywa się ona obecnie w ciele atrakcyjnej modelki (Lara Flynn Boyle). Jedyną osobą, która może uratować planetę jest Kevin Brown. Jego były partner musi przywrócić mu pamięć i nakłonić do współpracy, w przeciwnym razie światu grozi zagłada.

Kontynuacja: Faceci w czerni III (Men in Black III) [2012]