Kościół na Pustyni to druga część filmu Śmierć w Winnicy Pańskiej. Jest to podróż ku zapomnianej historii kościoła chrześcijańskiego. Historii tragicznej. Według transhumanizmu nasza cywilizacja stoi przed bramą ku świetlanej przyszłości, Biblia jednak ukazuje nam zupełnie inną przyszłość. Narody ogarnia gniew. Nasz świat jest niestabilny jak nigdy dotąd, nadchodzące wydarzenia rzucają długie cienie. Słońce powoli zachodzi za horyzont, a Duch Boży powoli odchodzi z ziemi. Wkrótce dwie grupy ludzi staną naprzeciw siebie. Zdecydowana większość stanie pod sztandarem, który sama sobie wybrała.