Zrzucenie bomby na Nagasaki i Hiroszimę w 1945 roku miało tragiczne konsekwencje. Na Ziemii coraz więcej zaczęło się pojawiać potworów - olbrzymów. Ale nie tylko potwory są skutkiem zrzucenia bomb. Mutacji ulegli również ludzie. Narodziła się bowiem nowa rasa mutantów - ludzi ze specjalnymi zdolnościami fizycznymi. Z czasem ludzkość przyzwyczaiła się do nowych ludzi i sprzymierzyła się z nimi przeciwko potworom. Powołano Ziemskie Siły Obronne, które mają za zadanie unicestwic ogromne potwory. W skład ZSO wchodzi specjalna grupa militarna - M-base, w której skład wchodzą ludzie i mutanci. To oni są najlepszymi wojownikami zdolnymi pokonać bestie. Ich największm jest sam Król Potworów - Godzilla, który od 1954 roku terroryzuje Japonię. Wkońcu udało się pokonać Godzillę zamrażając ją na biegunie południowym. W kilka lat później w roku 20XX w niewyjaśnionych okolicznościach wszystkie żyjące potwory przebudziły się i zaczęły terroryzować świat: - Rodan w Nowym Jorku, Kamakuras w Paryżu, Anguirus w Szanghaju i wiele wiele innych. Gdy ZSO toczy ciężką batalię na wszystkich frontach, potwory zostały niespodziewanie zabrane na tajemniczy statek kosmiczny, który pojwaił się na Ziemi. Byli to kosmici z Planety X, którzy przybyli w pokoju. Wkrótce okazuje się, że Xianie mają inne plany co do Ziemi. Wykorzystują wszystkie schwytane potwory do zniszczenia naszej planety. w wyniku zniszczeń, jedyną bronią ludzkości został statek Gotengo - który pokonał Godzillę kilka lat temu. Jednak sam statek nie będzie w stanie pokonać wszystkich potworów. Jedyną bronią zdolną do pokonania wszystkich potworów staje się Godzilla. Bohaterowie wraz z zalogą Gotengo muszą odmrozić Godzillę i stawić czoła najeźdzcom z kosmosu, którzy mimo, że kontrolują pozostałe potwory, sprowadzają na Ziemię własnego potwora..