W czasie bitwy z Doktorem Animo, Omnitrix, który daje Benowi nadprzyrodzoną moc, zostaje napromieniowany przez pulsujący dziwną energią strumień światła. Pod jego wpływem w urządzeniu uruchamia się procedura samozniszczenia. Zaalarmowany sygnałem z Omnitrixa Diamentogłowy przybywa na Ziemię, aby ocalić chłopca przed niechybną śmiercią. Zabiera Bena w kosmiczną podróż, której celem jest odnalezienie konstruktora cudownego zegarka, Azmutha, jedynej osoby zdolnej powstrzymać maszynę przed samodestrukcją. W wyprawie towarzyszy Benowi jego uparta kuzynka, Gwen. Tymczasem alarm Omnitrixa przechwytują zwiadowcy międzygalaktycznego złoczyńcy, Vilgaxa.