Bogdan Rymanowski prowadząc publiczną dyskusję z Radosławem Petermanem opowiada historię Janusza Molki - funkcjonariusza bezpieki, który w okresie PRL z wielkim zaangażowaniem i profesjonalizmem donosił na swych kolegów z opozycji, kłamał, manipulował i oszukiwał.

Molka jest jednak pierwszym agentem SB, który łamiąc zmowę milczenia opowiedział w wywiadzie-rzece jak służby specjalne PRL kontrolowały opozycję. Pozostawiony przez swych dawnych współtowarzyszy i napiętnowany przez społeczeństwo Molka bije się w pierś i prosi o wybaczenie wszystkich, których skrzywdził.

Przypadek ten jest precedensem, ponieważ jak do tej pory nie zdarzyło się, aby zdekonspirowany agent nie tylko przyznał się do stawianych mu zarzutów, lecz także poszukuiwał osobistego odkupienia.

Historia Janusza Molki nie kończy się jednak wraz z upadkiem PRLu, gdyż "Ubek" to także opowieść o kulisach pokojowego przekazania władzy przez komunistów w 1989 roku, wpływie tajnych służb na wynik czerwcowych wyborów oraz roli, jaką wciąż w naszym kraju odgrywają dawni tajni współpracownicy.