Szalony naukowiec Dr. Neo Cortex i jego pomocnik Dr. Nitrus Brio zamierzają podbić świat przy pomocy zwierząt-mutantów, tworzonych przy pomocy skonstruowanej przez Nitrusa maszyny zwanej Evolvo-Ray (Ewolwo-promień). Jednym z tych stworzeń jest Crash będący jamrajem pasiastym. Aby zwierzęta stały się mu jeszcze bardziej posłuszne, Cortex stworzył także Cortex Vortex (Wir Cortexa) maszynę służącą do prania mózgu. Podczas gdy zły naukowiec podejmuje próbę użycia jej w celu zawładnięcia nad Crashem, ten ucieka z laboratorium. Słyszy przy tym jednak, że Cortex planuje porwać samicę jamraja Tawnę. Uciekając, wpada do wody; budzi się następnie na N. Sanity Beach gdzie zaczyna się jego przygoda. Teraz musi uratować Tawnę oraz zapobiec zniszczeniu świata.