Skrupuły mogą mieć różne przyczyny. Jedną z nich jest natura ludzka, a ściślej temperament. Osoby o melancholijnym usposobieniu mają większą skłonność do skrupułów. Nie oznacza to, że na pewno mieć je będą, ale temperament w połączeniu ze złym wychowaniem, złą formacją sumienia, może spowodować tę chorobę duszy. Innym źródłem skrupułów jest działanie szatana. Jemu zależy na tym, abyśmy oddalili się od Pana Boga. Przez skrupuły może do tego dojść, ponieważ w takiej sytuacji wzdrygamy się od korzystania z sakramentów i nasza modlitwa staje się coraz bardziej oschła. Może nawet dojść do obojętności duchowej. Jest także rodzaj skrupułów, które dopuszcza Pan Bóg w duszy o wysokim stopniu doskonałości. W ten sposób chce On wyrobić w wybranej duszy jeszcze większą cnotę pokory i posłuszeństwa. Różnica polega na tym, że w takim przypadku skrupuły rodzą dobre owoce.