Członkowie religijnej sekty przygotowują się do wejścia na pokład odkopanego statku kosmicznego. Ciężko ranny Doggett przebywa w szpitalu. Scully, nieufna w stosunku do Skinnera i Follmera, rozpoczyna własne śledztwo w sprawie porwania Williama. Pomagają jej w tym agentka Reyes i Samotni Strzelcy. Wkrótce okazuje się, że dziecko zostało porwane na zlecenie lidera sekty, który uważa, że syn Dany jako jedyny może uchronić ludzkość przed kosmitami. W sprawę angażuje się Człowiek z Wykałaczką, członek Nowego Syndykatu.