Jest rok 2137, przez naszą planetę przetoczyła się III wojna światowa. Metropolie zamieniły się w gigantyczne cmentarzyska. Teraz na polach walk rządzą roboty, cyborgi i maszyny bojowe, a pozostali przy życiu ludzie kontynuują wyniszczającą walkę. Jednak w tym umierającym świecie istnieje miejsce, do którego wojna nie zdołała się wedrzeć. To supernowoczesna, sterowana przez inteligentny system komputerowy, metropolia Olimp - ostatnia ostoja cywilizacji. To tutaj ukryto tajemnicę projektu Appleseed, a kluczem do niej jest wyjątkowa dziewczyna o imieniu Deunan.