Historia obraca się wokół Akihisy Yoshiiego, tytułowego "baka" (jap. głupek). Jego akadamia surowo rozdziela uczniów do poszczególnych klas na podstawie wyników z testów. Geniusze trafiają do klasy A, gdzie czekają na nich wygodne fotele i klimatyzacja, zaś najgorsi uczniowie lądują w klasie F z rozwalającymi się stolikami i zużytymi, słomkowymi tatami (japońska mata). Właśnie do klasy F uczęszcza nasz Akihisa. Trafia tam też Mizuki Himeji, najmądrzejsza dziewczyna z rocznika Yoshiiego, która pechowo zachorowała w dzień egzaminu i nie była w stanie do niego przystąpić.