Gdy na niebie nad Gotham City widać coś przypominającego gigantycznego nietoperza , a później atakuje strażnika w Phoenix Pharmaceuticals, Batman jest uważany za winowajcę. Detektyw Harvey Bullock prosi burmistrza Hamiltona Hilla o zgodę na utworzenie oddziału taktycznego w celu schwytania Batmana, czemu odmówił komisarz Gordon , który nie wierzy, że Batman jest za to odpowiedzialny. Hill upoważnia siły uderzeniowe, a prokurator okręgowy Harvey Dent obiecuje wsadzić Batmana do więzienia, jeśli Bullock go złapie.

Wierząc, że został wrobiony, Batman bada i dowiaduje się, że w innych firmach farmaceutycznych miały miejsce dwa podobne napady. Batman infiltruje Phoenix Pharmaceuticals, nieświadomie ostrzegając ochroniarzy, którzy dzwonią na policję. Gdy bada siły uderzeniowe Bullocka, przybywają na miejsce, tak jak Gordon mówi mu, że inna firma farmaceutyczna została właśnie obrabowana w całym mieście, co dowodzi niewinności Batmana. Batman ucieka z oddziału z jedynymi odzyskanymi wskazówkami: nagraniem ataku strażnika i próbką futra.

Następnego dnia Bruce Wayne odwiedza zoo w Gotham, by zapytać eksperta od nietoperzy, doktora Marcha, o tajemnicze futro i nagranie, ale nie chce mu pomóc. Córka i asystentka Marcha, Francine, i jej mąż, dr Kirk Langstrom, obiecują Bruceowi, że przeanalizuje ich oboje dla niego. Później marzec wzywa do podania wyników analizy: dźwięk to połączenie szpaków i nietoperzy brunatnych , skąd pochodzi również próbka futra. Kiedy Batkomputer wyklucza oba stworzenia, Batman staje się podejrzliwy i udaje się do zoo, by dalej zbadać. Tam dowiaduje się, że Kirk Langstrom pracuje do późna, przyznaje się do kradzieży chemikaliów, aby opracować formułę, która może przekształcić go w nowy gatunek, coś ani człowieka, ani nietoperza.

Kirk przemienia się w gigantycznego nietoperza, znanego jako Człowiek-Nietoperz, przerażający zarówno Batmana, jak i Francine. Man-Bat ucieka z zoo, ale Batman chwyta się go i obaj toczą zaciekłą walkę o Gotham. Batman ostatecznie obezwładnia Man-Bata i zabiera go z powrotem do Batcave , gdzie tworzy substancję chemiczną, która odwraca działanie serum Kirka. Batman wraca do zoo z przywróconym Kirkiem do Francine, któremu Batman mówi, że substancja chemiczna jest poza jego systemem, ale Człowiek-Nietoperz może tak naprawdę nie zniknąć.