Nad Tokio pojawia się olbrzymie UFO - wehikuł czasu z XXIII stulecia. Jego pasażerowie pozostawiają na atolu Bikini trzy małe zwierzątka. Mutacje spowodowane wybuchem bomby wodorowej zmieniają je w wielkiego trójgłowego potwora, zwanego Król Ghidorah. Przybysze z przyszłości żądają kontroli nad Japonią - odmowa oznacza totalną zagładę, której dokonać ma sterowany przez nich Król Ghidorah. Niszczycielskiemu atakowi potwora może stawić czoła tylko Godzilla.