Historia rozgrywa się w przyszłości, prawdopodobnie po wojnie jądrowej. Większość Ziemi pokryta jest zabójczym dla ludzi Ugorem, w którym żyją ogromne rośliny i owady. W Dolinie Wiatrów, chronionej przed toksynami przez silny wiatr, mieszka księżniczka Nausicaä.

Pewnej nocy w Dolinie rozbija się samolot z obcego królestwa, którego wojsko szybko opanowuje Dolinę Wiatrów, i zabiera księżniczkę jako zakładnika. Wkrótce okaże się, że na jego pokładzie znajduje się straszliwa broń, której przybysze chcą użyć przeciwko swoim wrogom. Mieszkańcy Doliny nie chcą dopuścić do użycia broni, wiedząc, że zaburzy to wątłą równowagę między człowiekiem a naturą, której zawdzięczają swoje życie w Dolinie.