Akcja filmu rozgrywa się w wiosce zamieszkiwanej przez niebieskie stworzenia zwane Smerfami. W całej wiosce Smerfów każdy smerf m.in. Łasuch, Ważniak, Papa Smerf i Laluś mają swoje zadania do wykonania. Smerfetka, która jako jedyna kobieta w wiosce nie ma nic do robienia postanawia wyruszyć w drogę na poszukiwanie smerfnych koleżanek. Kierując się tajemniczą mapą, wraz z przyjaciółmi Ważniakiem, Osiłkiem i Ciamajdą wybierają się na wyprawę do Zakazanego Lasu, oddalając się poza wioskę i gubiąc się w pełnym niebezpieczeństw lesie. Niebieskie stworzenia nie wiedzą jednak, że w ślad za nimi podążą podstępny czarodziej Gargamel wraz ze swoim nierozgarniętym kotem Klakierem. Smerfy wyprzedzając Gargamela trafiają do tajemniczej zaginionej wioski, aby poznać i odkryć największą tajemnicę w historii Smerfów.