Właśnie trwają badania nad Sphealami i ich ewolucjami, które bytują na biegunie północnym. W pewnym momencie z nieba spada meteoryt i zaraz potem pojawia się tajemniczy Pokémon. Jak by tego było mało, przybywa również Rayquaza i wywiązuje się walka między tymi dwoma Stworkami. To będzie dopiero początek nieszczęść, jakie przyniósł ze sobą na ziemię Deoxys !