Odd, będący ofiarą ataku widma, traci wszystkie pozostałe kody źródłowe. W panice postanawia stworzyć bunkier, czyli rozwiązanie, w którym osoby posiadające kody są chronione przez bezkodowego Wojownika Lyoko. Ta decyzja nie jest jednak jednomyślna, a William, pozostający w konflikcie z Yumi, szybko odchodzi. Na szczęście inicjatywa Oddea okazuje się pomocna, ponieważ daje Ulrichowi i Aelicie chwilową ochronę przed widmem, które ich ściga. Sytuacja zmienia się jednak, gdy Odd odkrywa, że widmo potrafi przenikać przez ściany. W tym samym czasie na Lyoko Yumi i William próbują dezaktywować wieżę, aby powstrzymać XANĘ przed dalszymi atakami. William zostaje skonfrontowany ze swoim własnym klonem wysłanym przez sztuczną inteligencję.
