W chwili, gdy Mewtwo zostaje wyswobodzony ze swego "więzienia", w ataku nagłej furii niszczy całe laboratorium, zabijając przy tym wszystkich ludzi zebranych na wyspie. Pragnąc odnaleźć swój życiowy cel, a także zapanować nad swymi mocami, zgadza się on współpracować z Giovannim - przywódcą Zespołu R, który jak się później okazuje, także wykorzystywał Superklona dla swych potrzeb. Sfrustrowany Pok niszczy kwaterę główną "Rakietowców", a następnie wraca do miejsca swych narodzin, gdzie szykuje zemstę na wszystkich ludziach. Świat staje tym samym w obliczu kataklizmu, który jest w stanie zmieść z obszaru planety wszystkie żywe istoty. Na gruzach starej planety, Mewtwo zamierza stworzyć wszystko "od nowa", zaludniając ją jedynie "doskonałymi" klonami. Na szczęście, naprzeciw zagrożenia wychodzi Ash i jego przyjaciele, a także prześmieszny Mew. Co za tym idzie, szykuje się pojedynek, jakiego nie widziano od wieków.